Eiropas Reģionālās attīstības fonda programmas "Izaugsme un nodarbinātība" specifiskā atbalsta mērķa 1.1.1. "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā" pasākuma 1.1.1.2. "Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts" vienošanās Nr. 1.1.1.2/VIAA/4/20/686
Pēcdoktorants Maryna Ramanenka.
Atbildīgā persona Dainis Ruņģis.
Kopējās izmaksas ir 44 601,96 EUR, t.sk. ERAF 37 911,66 EUR.
Plānotais pētījuma ilgums ir 12 mēneši (1.06.–31.10.2021. un 1.06.–31.12.2022.).
Pētījuma mērķis ir sakņu trupi izraisošā patogēna Heterobasidion annosum patogenitātei specifiskā transkriptoma noskaidrošana patogenitātes faktoru noskaidrošanai.
Sasaiste ar RIS3 – pētījums attiecas uz specializācijas jomu "zināšanietilpīga bioekonomika".
Galvenās aktivitātes ir:
- H. annosum transkriptomu iegūšana no agrīni (24 stundas) un ilgstoši (1 mēnesis) inficētiem ģenētiski identiskiem parastās priedes stādiem;
- Šo transkriptomu savstarpēja salīdzināšana;
- H. annosum gēnu, kas pastiprināti darbojas agrīnā infekcijas stadijā, noskaidrošana, vienlaicīgi noskaidrojot arī ilgstošā infekcijā būtiskos gēnus;
- Trešajā punktā minētajiem gēniem specifisku praimeru dizains to turpmākai izmantošanai pētījumos par šo gēnu variācijām H. annosum populācijā un ietekmi uz dažādu H. annosum izolātu patogenitāti.
Plānotie rezultāti
- Divas datu kopas par H. annosum patogenitāti saistīto gēnu sekvencēm (pirmā – agrīnā infekcijas stadijā, otrā – vēlā infekcijas stadijā).
- Praimeru komplekta dizains šo gēnu pētījumiem turpmākos pētījumos.
- 1 publikācija Scopus datu bāzē indeksētā žurnālā; 1 uzstāšanās starptautiskā konferencē, 2 uzstāšanās zinātnes komunikācijas pasākumos.
Atslēgvārdi: sakņu trupe, patogenitāte, parastā priede, molekulārā ģenētika.
Sasniegtie rezultāti
- 3.12.2021. Izveidota paraugkopa pētījumam, kas sastāv no sējeņiem sākotnējiem izmēģinājumiem un potēta materiāla (kloniem) eksperimentiem 2022. gadā.
- 3.12.2021. Izdalīta RNS no 60 sējeņiem (kontroles paraugi un paraugi, kas ņemti atšķirīgos laika posmos pēc inokulēšanas ar sakņu trupes sēni).
- 3.12.2021. Veikta RNS paraugu sagatavošana transkriptoma sekvencēšanai. Panākta vienošanās par atbalstu no MGI Latvija izmēģinājuma paraugu bezmaksas sekvencēšanai.
- 14.07.2023. Manuskripts "Early stage infection specific transcripts of Heterobasidion annosum in the H. annosum – Pinus sylvestris pathosystem" iesniegts publicēšanai žurnālā Forests.
Praimeru sekvenču saraksts diferenciāli ekspresēto H. annosum gēnu turpmākiem pētījumiem